더불어민주당 박민규 국회의원(서울 관악구갑, 과학기술정보방송통신위원회)이 연구개발특구진흥재단으로부터 제출받은 자료에 따르면, 타 지역 본사 이전 등 사유로 연구소 기업이 등록 취소되는 경우가 ‘23년무려 146건에 달하는 것으로 파악되었다. 이는 ’22년 57건에 비해 약 2.6배 늘어난 수치이다. 한편 올해 역시 대폭 증가해 9월까지 202건에 이르러 연구개발 특구 이탈이 심각한 것으로 나타났다.

연구소기업은 연구개발특구법 제2조 제6에 따라, 공공연구기관의 연구성과를 사업화하기 위해 연구개발특구 내에 설립된 기업이다. 매년 신청을 받아 선정된 기업에는 법인세 감면, 사업비 지급 등 다양한 세제 혜택이 제공된다. 법인세 3년간 100% 감면, 재산세 최대 7년간 100% 감면, 취득세 면제 등 혜택이 있다.

그러나 상당수가 선정 이후 특구 외 지역으로 본사를 이전하는 등의 사유로 등록 취소되고 있다. 연구소 기업이 선정된 이후 등록이 취소된 건은 2023년 146건, 2022년 57건, 2021년 125건 등으로 집계되었다. 특히, 2024년 9월까지의 취소 건수는 202건으로, 2019년 28건에 비해 약 7배(620%) 증가한 것으로 보였다.

2006년 첫 연구소기업 설립 이후, 현재까지 약 1,500개의 연구소기업이 설립되며 지속적으로 증가하는 추세에 있다. 연구소기업은 공공기관이 10% 이상의 자금을 출연하고 연구개발특구 내에 설립되어야 하며, 이를 통해 정부로부터 세제 혜택과 연구개발(R&D) 자금을 지원받는다.

박민규 의원은 “세제 혜택을 목적으로 특구 내에 연구소기업을 설립한 뒤, 이를 악용해 이득만 챙기고 등록을 취소하는 사례가 지속되고 있다.”며 “이로 인해 실질적으로 필요한 기업이 예산 지원 기회를 잃는 등 부정적인 편법 운영이 심각하다."고 지적했다.

이어 그는 " 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의4(연구소기업의 등록취소 등)에 따르면, 제1항제1호 및 제6호에 따라 등록이 취소된 연구소기업은 등록이 취소된 날부터 2년 이내에는 다시 등록할 수 없다. 즉, ‘부정한 방법의 등록’(1호)과 ‘조사 및 열람결과 법 위반행위’(6호) 외에는 제재가 전무하다.” 며, “이에 2년 이내재등록 불가요건으로 ‘특구 외 주소 이전(4호)’을 추가하는 등의 법률 개정이 필요하고, 또한 연구개발특구법 제9조의3(연구소기업의 설립 등)의 요건 중 ‘특구 안에 설립할 것’의 요건에 지역이탈 방지를 목적으로 ‘특구 내에서 연구소기업을 운영한 최소기간’ 요건을 추가하거나, 연구소등록의 혜택을 등록 연도별로 차등 지급하는 방안 등의 선정 요건 및 혜택 지급에 대한 다각도의 검토가 필요하다.”고 강조하였다.

<별첨 – 2019년 이후 연구소기업 등록 건수>

<별첨 – 2019년 이후 연구소기업 사유별 취소 건수>

<별첨 – 연구소 등록취소 근거(연구개발특구법 제9조의4제1항)